上一部结尾，尼奥（基奴李维斯暂无内容饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝暂无内容饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩暂无内容饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。